Resumen de descargas de Flybase – flybase wiki ethicon

La página de la versión actual es una interfaz web que permite un fácil acceso a los directorios principales y los archivos de datos masivos individuales disponibles en el repositorio FTP de flybase actual. Los archivos se pueden descargar directamente a través de la interfaz web o conectándose al sitio FTP de ethereum classic mining calculator utilizando un cliente ftp como wget. Tenga en cuenta que el navegador de safari no admite la navegación de directorios de sitios FTP, aunque sí permite la descarga de archivos individuales. El wget del cliente ftp acepta patrones de comodines, lo que significa que puede utilizar una consulta del siguiente tipo para obtener el último archivo sin tener que especificar el número de versión de flybase:

La mayoría de los archivos están comprimidos con el programa gzip de GNU y tienen el sufijo ‘.Gz’. La mayoría de las computadoras modernas desempaquetarán y abrirán estos archivos automáticamente después de la descarga. Alternativamente, el comando gunzip se puede usar en máquinas que ejecutan Apple OS X o Unix. En una máquina con Windows, le sugerimos que use el programa 7-zip para abrir estos archivos, ya que varias personas han reportado problemas al usar Winzip. El archivo resultante ethika boys debería abrirse con cualquier editor de texto estándar.

El enlace de la base de datos de chado conduce al directorio psql del repositorio de FTP actual, donde puede obtener un volcado de la base de datos de chado postgresql. Si tiene instalada una aplicación cliente postgresql y desea acceder a la última versión de flybase sin instalar la base de datos, puede conectarse a la base de datos pública de solo lectura de flybase como:

• el repositorio actual de chado-XML, que contiene los archivos XML de chado generados a partir de la base de datos postgresql para cada clase de datos flybase para la versión actual de flybase. Estos archivos contienen toda la información utilizada para generar páginas de informe de flybase y reflejan la organización de los datos en la base de datos. Los dtd para estos archivos XML, que enumeran la estructura de los archivos, se incluyen en este directorio.

• el repositorio FTP de genomas, que contiene los archivos de datos de anotación de genoma y genoma (incluidos los archivos FASTA, GFF y GTF) para D. Melanogaster y otras especies de drosophila, organizados por número de versión genoma / flybase. Para la versión FB2018_05 y anteriores, hay datos disponibles para cada una de las 12 especies de drosophila secuenciadas originales. Desde la versión FB2018_06 en adelante, los datos están disponibles solo para D. Melanogaster, D. Simulans, D. Ananassae, D. Pseudoobscura y D. Virilis.

Las secciones restantes de la psicología del etnocentrismo de la página de la versión actual están organizadas por clase / tipo de datos y proporcionan descargas directas de los archivos de datos masivos actuales del sitio FTP. La mayoría de los archivos son del directorio actual de archivos precomputados del sitio FTP y contienen datos útiles para el tipo de datos especificado (que se describe en detalle a continuación). Los archivos de genomas son del directorio actual de genomas de FTP de Melanogaster o los archivos actuales para otras especies de drosophila seleccionadas.

La primera parte de un nombre de archivo siempre describe el contenido del archivo, y la segunda parte puede contener un número de versión de anotación de base de datos o genoma. Por ejemplo, el archivo. "fbgn_annotation_id_fb_2018_06 urethra pain.Tsv.Gz" asigna los identificadores primarios del gen de la base de vuelo (fbgn) a sus identificadores de anotación para la versión FB2018_06 de la base de vuelo. los "dmel-all-CDS-r6.25.Fasta.Gz" los archivos contienen las secuencias de codificación para todos los genes D. Melanogaster de la versión 6 del ensamblaje de la secuencia, la versión de anotación 25.

En la parte superior e inferior de cada archivo de texto separado por tabulaciones hay algunas líneas que describen el archivo. Estas líneas comienzan con un símbolo ‘#’. La línea inmediatamente anterior al inicio de los datos contiene encabezados para cada una de las columnas separadas por tabulaciones en el archivo. El archivo también puede incluir algunas líneas en blanco para separar la información sobre la versión del archivo de la descripción de los datos en el archivo.

• para los casos en los que múltiples genes se mutan simultáneamente en cualquiera (o ambos) del genotipo inicial y en el que interactúan, entonces los genes involucrados en las noticias de monedas de etéreo están separados por una ‘|’ en las columnas correspondientes. En este caso, el orden de la lista de símbolos y de la lista de identificadores en las columnas 1 y 2, o en las columnas 3 y 4, respectivamente, es el mismo, de modo que la fbgn correspondiente al símbolo para cada gen puede identificarse fácilmente.

Este archivo reporta valores de expresión génica basados ​​en experimentos RNA-seq, calculados como lecturas por kilobase por millón de lecturas (RPKM). Los valores de RPKM se calculan solo para las regiones exónicas únicas del gen (excluyendo segmentos que se superponen con otros genes), excepto para los genes derivados de transcripciones dicistrónicas / policistrónicas, en cuyo caso todas las regiones de exones se utilizan en el cálculo de la expresión RPKM.

Indica si el valor de la expresión RPKM se calculó utilizando solo las regiones exónicas únicas del gen y no superponiendo los exones de otros genes (únicos), o si el valor de la expresión RPKM se calculó basándose en todos los exones del gen, independientemente de la superposición con otros genes (total). Los valores de la expresión RPKM se reportan típicamente para el "único" recuento, excepto los genes en transcripciones dicistrónicas / policistrónicas, en cuyo caso el "total" Se informa el conteo.

Este archivo está en formato PSI-MI TAB, un formato delimitado por tabulaciones desarrollado por el grupo de trabajo de los grupos étnicos moleculares de la iniciativa de estándares HUPO proteómica (PSI) en chicago interacciones (MI) para facilitar la comparación e intercambio de datos interactómicos. Los detalles sobre el formato MITAB general se pueden encontrar aquí. El archivo hace uso de la ontología de interacciones moleculares que se puede buscar o explorar aquí. Los campos se rellenan con “-” si faltan valores o no son relevantes.

Referencias cruzadas para las interacciones. Para flybase, estos incluyen un identificador de grupo de interacción (fbig) y posiblemente un identificador de colección (fblc) separados por “|”. Todos los experimentos que muestran una interacción entre los productos del gen A y el gen B se compilan en un grupo de interacción A-B, de modo que todas las interacciones se asocian con un grupo de interacción identificado por un número fbig. Las interacciones identificadas como parte de un estudio a gran escala también se asocian con el identificador de colección, o número fblc.

Este archivo informa cuando se ha observado la complementación funcional de los genes dmel por ortólogos no dmel. Estos datos se calculan mediante flybase utilizando una combinación del compuesto etérico de datos de ortología obtenido de DIOPT y orthodb y los datos de interacción genética de nivel alélico curados a partir de la literatura. El archivo contiene una lista de los pares de genes del gen dmel-no-dmel-ortólogo donde se ha demostrado que un constructo transgénico / alelo mutante del ortólogo no-dmel suprime al menos parcialmente el fenotipo (s) mutante de un alelo de la dmel gene.

• para las filas que contienen información sobre un acceso EMBL / genbank / DDBJ, un registro de nucleótidos asociado con el gen se incluye en la columna 4 (‘nucleotide_accession’). Si también hay un acceso a la proteína EMBL / genbank / DDBJ asociado con ese gen y con el acceso a los nucleótidos en la columna 4, este acceso a la proteína se incluye en la columna 5 (‘na_based_protein_accession’). En este caso, las columnas 6, 7, 8 y 9 están siempre vacías.

• para las filas que contienen información acerca de un acceso de NCBI refseq, un acceso de transcripción asociado con el gen de la película de amor eterno se incluye en la columna 8 (‘refseq_transcripts’). Si también hay un acceso a la proteína refseq NCBI asociado con ese gen y con el acceso de transcripción en la columna 8, este acceso a la proteína se incluye en la columna 9 (‘refseq_proteins’). En este caso, las columnas 4, 5, 6 y 7 están siempre vacías.

El archivo se genera al probar las superposiciones, sin importar cuán pequeñas sean, las ubicaciones de los oligos de affy1 en el genoma con las ubicaciones de los exones genéticos, según lo definen los modelos de genes dmel para la versión actual de flybase. Si la ubicación de un oligo affy1 muestra algún tipo de principio ético de superposición con un exón de un gen, un gen =>afy referencia se registra en este archivo.

Este archivo informa de todos los ncrnas para D. Melanogaster y otras 11 especies de drosophila secuenciadas en formato JSON, según se envió a rnacentral. Se excluyen los pseudogenes. Además de los símbolos e identificadores para ncrnas, este archivo también incluye su gen asociado, ubicación genómica, secuencia, clasificación de ontología de secuencia, etc. El esquema completo de este archivo está disponible aquí.

Este archivo informa sobre las ventanas de configuración 10 de ip de orthologs human ethernet no válidas de D. Melanogaster utilizando el conjunto de datos DIOPT. Cada línea informa un solo par ortólogo, lo que significa que cada gen humano y D. Melanogaster puede aparecer en varias líneas. Tenga en cuenta que las llamadas ortholog son compatibles con solo 1 o 2 algoritmos (puntuación DIOPT "ontología de la enfermedad" sección del informe de alelos, que se repite en el "datos del modelo de enfermedad humana" -> "Alelos reportados para modelar enfermedades humanas (ontología de enfermedades)" Sección del informe gen.

Código de evidencia, con alelo (s) que interactúa cuando sea apropiado. El código de evidencia es uno de los siguientes: ‘inferido a partir de fenotipo mutante’, ‘en combinación con’, ‘modelado por’, ‘se mejora con’, ‘se ve agravado por’, ‘NO se mejora por’ o ‘NO se ve agravado por’. Los alelos interactivos se dan como ‘FLYBASE :; FB: ‘, con múltiples alelos separados por una coma.

La secuencia de características de secuencia, que actualmente describe datos sobre reactivos de rnai. En el futuro, también contendrá características genómicas naturales (aparte de las regiones transcritas), como los orígenes de replicación, los sitios de unión al factor de transcripción y los elementos de contorno, y otros reactivos experimentales. fragmentos

Este archivo informa de todos los ncrnas para D. Melanogaster y otras 11 especies de drosophila secuenciadas en formato JSON, según se envió a rnacentral. Se excluyen los pseudogenes. Además de los símbolos e identificadores para ncrnas, este archivo también incluye su gen asociado, ubicación genómica, secuencia, clasificación de ontología de secuencia, etc. El esquema completo de este archivo está disponible aquí.

El archivo construct_maps.Zip se desempaqueta como un directorio que contiene mapas de construcciones recombinantes y transposones transgénicos generados por flybase, que se basan en los datos de secuencia compilados curados por flybase. El nombre de cada imagen PNG en el directorio corresponde al identificador de la base de vuelo de la construcción recombinante respectiva o transposón transgénico.

Este archivo muestra una lista de todos los controladores GAL4 que han sido curados a al menos 21 referencias y / o se encuentran entre las 150 acciones GAL4 más solicitadas del centro de stock de bloomington drosophila, en formato JSON. Además de los símbolos e identificadores para los alelos scer \ GAL4, este archivo también incluye su transposón o inserción asociados, gen asociado, patrón de expresión en la etapa de vocabulario controlado y términos anatómicos, stocks y publicaciones, todos con identificadores, así como texto libre. Descripciones de patrones de expresión. Este archivo, excepto para publicaciones y stocks, también está disponible en formato TSV aquí.

Este es un archivo separado por tabuladores generado a partir de los archivos citotable.Txt y genoma-cito-seq.Txt que infieren la relación entre las posiciones publicadas del mapa citogenético, las posiciones del mapa genético y las coordenadas de ensamblaje de la versión 6 para drosophila melanogaster. Tenga en cuenta que los números de banda no se dan en este archivo porque están ausentes en cytotable.Txt.

banner